Uno de los objetivos del Reglamento ha sido refundir las disposiciones existentes hasta el momento, previstas en las Directivas 2001/22/CE, 2004/16/CE y 2005/10/CE, en un único acto legislativo. Con ello, quedan bajo el marco del Reglamento 882/2004 del Parlamento Europeo y del Consejo, de 29 de abril de 2004, sobre los controles oficiales efectuados para garantizar la verificación del cumplimiento de la legislación en materia de piensos y alimentos y la normativa sobre salud animal y bienestar de los animales, tal y como se prevé en el apartado 4 de su artículo 11.

Este reglamento entró en vigor el 18 de abril y es aplicable desde el 1 de junio de 2007. En consecuencia, los Reales Decretos mencionados están derogados desde esa fecha y cabe destacar que toda la legislación comunitaria en materia de contaminantes pasa ya a estar en formato de Reglamento, por lo que es de aplicación directa en todo el territorio de la Unión Europea.