Para el programa de mejora de la calidad de la leche, y en concreto para las ayudas a la financiación de acciones de asesoramiento para la mejora de la calidad de la leche producida y recogida en las explotaciones, se han destinado 5.600.000 euros para el ganado vacuno y 2.129.432 euros para el ganado ovino  caprino.

En este capítulo ganadero se ha procedido también al reparto de 642.267 euros para la identificación del ganado bovino, financiándose en un 50 por ciento las marcas auriculares para la identificación individual de cada animal bovino y los documentos de identificación. Se reparte así el importe correspondiente al primer semestre del año 2008, aplicándose los remanentes de 2007, distribuyéndose en el segundo semestre de este año el 50 por ciento restante.

Dentro de la misma línea de mejora de la calidad y trazabilidad de los sectores ganaderos y, en este caso, para la identificación del ganado ovino y caprino, se han asignado 2.091.488 euros, para la cofinanciación de la compra de los componentes del sistema de identificación consistentes en las marcas auriculares y los identificadores electrónicos (bolos rumiales), así como el equipamiento necesario para la lectura electrónica y otros costes para la correcta aplicación de la identificación de los animales.

Por otra parte y para las ayudas a los sistemas de producción ganadera de razas autóctonas en extensivo, se han repartido entre las Comunidades Autónomas 1.500.000 euros, cuyos beneficiarios deberán aplicar en sus sistemas de producción ganaderos criterios de sostenibilidad fundamentados en las razas autóctonas y en sistemas productivos ligados a la tierra de tipo extensivo, adquiriendo un compromiso social con la administración de la Comunidad Autónoma correspondiente para mantener, y en algunos casos aumentar los requisitos contraídos.

La Conferencia Sectorial ha destinado también 1.500.000 euros para ayudas a la producción de productos de calidad de origen animal, cantidad que se destinará a subvenciones para la asistencia técnica para el estudio de mercados, el diseño y la creación de productos, la implantación de programas, la formación del personal y los costes de certificación de los programas implantados.

Un total de 108.000 euros se han asignado para ayudas a la implantación de sistemas de autocontrol en los mercados de ganado. Para esta distribución se han tomado en cuenta el número de Mercados Nacionales existentes en cada Comunidad Autónoma que cumplen las exigencias de la normativa comunitaria para intercambio intracomunitario.

Para las razas autóctonas en peligro de extinción se han distribuido 1.542.411 euros, una línea de actuación que existe ya hace algunos años, pero que para este ejercicio 2008 contará con la aplicación del Real Decreto por el que se actualiza la normativa reguladora, incrementándose las cuantías a las asociaciones por anualidad, pasando de 12.000 a 60.000 euros, ampliándose los conceptos financiables de acuerdo con el nuevo marco comunitario de ayudas al sector ganadero.

También se han asignado fondos, concretamente 3.950.630 euros, para el control del rendimiento lechero, una distribución que se ha realizado tomando en cuenta el número de lactaciones finalizadas y válidas del ejercicio anterior, certificadas por las Comunidades Autónomas.

Otra de las líneas de actuación financiadas por la Sectorial ha sido el fomento de la selección y control de rendimientos ganaderos, y en concreto para la resistencia a EET´s en ovino, capítulo al que se han destinado 735.637 euros. Con esta cantidad se subvencionará la aplicación de los programas de selección genética, la utilización de centros de inseminación artificial, la creación de bancos de ADN y los programas de inseminación artificial, así como la indemnización por eliminación de machos con alelo VRQ.

Para la prima nacional complementaria a la vaca nodriza se han destinado 3.771.119 euros, utilizando como clave del reparto, el número de derechos de prima por vaca nodriza comunicado por las Comunidades Autónomas.

Destinados al Plan de ordenación y competitividad del sector lácteo, y en concreto para el programa nacional de abandono de la producción láctea para el periodo 2007/2008, se han asignado 17.146.390 euros, habiéndose empleado para el reparto el mismo criterio utilizado otros años, consistente en la suma total de las indemnizaciones correspondientes a as solicitudes aceptadas que se presentan por los ganaderos en cada una de las Comunidades Autónomas.

Dentro de los programas ganaderos, se han repartido también 1.500.000 euros para el Plan de ordenación del sector cárnico, tratándose de un primer reparto lineal de fondos para la puesta en marcha de las líneas de subvenciones destinadas a las Agrupaciones de productores de ovino y caprino en el ejercicio 2008.

También se han distribuido 2.168.906 euros para el Plan de ordenación y fomento del sector equino, habiéndose utilizado como criterios para la asignación, el número de explotaciones y censo, según los datos extraídos de la base del Registro de Explotaciones Ganaderas (REGA), y el remanente comunicado por las distintas Comunidades Autónomas, teniendo en cuenta las cantidades territorializadas y no utilizadas desde 2005.

La Conferencia Sectorial ha asignado, por otra parte, un total de 2.121.993 euros para el fomento de la apicultura, cantidad que se ha repartido tomando en cuenta el número de colmenas registradas sobre la base del Registro de Explotaciones Ganaderas (REGA), así como la disponibilidad presupuestaria de las Comunidades Autónomas.